Laminario, una Colección Abierta de Láminas de Microscopio al Estilo de iNaturalist
Una colección pública donde cada caso es una lámina de microscopio real mostrada como el objeto de vidrio que es, su formato y tamaño, el espécimen bajo el cubreobjetos, una etiqueta impresa con un QR escaneable, y tras el vidrio la imagen microscópica, desde una fotomicrografía hasta un escaneo de lámina completa con planos focales y pares polarizados, explorada en zoom profundo sobre IIIF. Tres reinos, 18 colecciones y 130 subcolecciones y grupos con su propia iconografía; los visitantes navegan sin cuenta, los colaboradores invitados agregan láminas, la comunidad acuerda las identificaciones. Versión 0.17.002: diecisiete unidades liberadas y desplegadas desde el 2026-09-30 en laminario.ml.fasl-work.com, con una colección base de 505 láminas (786 imágenes) de fuentes abiertas, mostradas como láminas de vidrio realistas en 3D. Ciclo de vida planificado.
Contexto de Negocio
Para un visitante la promesa es mirar una lámina como objeto y luego ponerla en la platina: objetivos derivados del tamaño de píxel, una barra de escala en unidades reales, planos focales, pares polarizados y rotación para rocas y minerales, y una etiqueta cuyo QR abre la página de la lámina. Para un docente o una colección, la promesa es un lugar donde una lámina puede agregarse con su procedencia, licencia y autor por activo, identificarse por una regla de acuerdo de dos tercios y servirse como manifiesto IIIF estándar en vez de quedar encerrada en un visor.
Valor Estratégico
Laminario se construye en el orden obligatorio: siete dosieres de investigación, una decisión de arquitectura (ADR-0077), un documento de diseño de software con una compuerta de verificación nombrada por requisito, el plan validado por Felipe el 2026-09-24, y luego las unidades. La versión 0.01.000 (2026-09-25) fue la base del repositorio y el modelo de datos con ambos contratos. El 2026-09-28 y 29 siguieron las unidades en orden, cada una con su página de veredicto, hasta la 0.15.000: el motor de imágenes, la entrega por IIIF, el trabajador, las subidas reanudables, las cuentas por invitación, el árbol de colecciones, una colección base de 505 láminas en las 18 colecciones (Wikimedia Commons, el Data Portal del Natural History Museum, Smithsonian Open Access, las pilas focales del NMNH en Zenodo, los datos de prueba de OpenSlide; 14 escaneos de lámina completa y un par polarizado registrado para cada familia de rocas, cada imagen con su licencia, autor, registro de origen y SHA-256), el sistema visual propio del producto, Explorar, la lámina y su platina, Contribuir, Identificar con la regla del taxón comunitario de iNaturalist leída de su fuente, el gabinete con hojas de etiquetas impresas a 1:1, y Acerca de. El despliegue (0.16.000, 2026-09-30) corre la API, el trabajador, el servidor de subidas y el de teselas en el VPS de aprendizaje automático detrás de HTTPS, con la colección base importada y verificada archivo por archivo contra su horneado, y una compuerta de producción de 22 chequeos que pasa contra el sitio en vivo. La interfaz de láminas de vidrio (0.17.000) dibuja cada conjunto de la colección como láminas de vidrio realistas en 3D, en el formato propio de cada lámina, con la fotografía del vidrio real donde un escáner la guardó, en cuatro disposiciones que el visitante elige (un carrusel, un cajón de archivador, una caja de láminas, una carpeta), navegable con teclado y dibujada plana donde falta WebGL; la 0.17.002 muestra una lámina real de cada colección en la portada. El ciclo de vida es planificado.
El Desafío
Las láminas de microscopio están entre los objetos más numerosos de las colecciones de historia natural y de enseñanza; solo el Museo de Historia Natural de Londres guarda cerca de 2,5 millones. Una parte creciente está digitalizada y bajo licencias abiertas, pero se publica como registros en portales de museos o como archivos en depósitos de datos: nadie puede recorrer láminas como láminas, a través de plantas, animales, microbios, rocas, minerales y cristales, ni agregar las suyas. Los archivos de lámina completa son formatos de escáner de varios gigabytes (NDPI, SVS, MRXS, DICOM) que las herramientas web comunes no pueden abrir.
Nuestro Enfoque
Una API FastAPI sobre SQLite con búsqueda de texto completo y cuentas solo por invitación; un proceso trabajador aparte que reclama trabajos durables desde la misma base de datos; libvips con OpenSlide escribiendo un BigTIFF piramidal por plano de imagen; la IIIF Image API 3 en nivel 2 desde iipsrv tras una caché nginx, más un manifiesto IIIF Presentation 3 por lámina para que cualquier visor IIIF pueda abrirla; subidas reanudables a través de tusd con cuarentena, inspección, suma de verificación y cuotas; un frontend en React y TypeScript con OpenSeadragon para la platina y MapLibre sobre un mapa base PMTiles propio para los lugares. La colección base de al menos 300 láminas con licencia abierta (NHM, Smithsonian Open Access, Zenodo, Wikimedia Commons, CDC PHIL) se ingesta por la misma canalización que la subida de un colaborador. El producto lleva su propio sistema de diseño original: la carcasa CAOS compartida queda excluida por instrucción de Felipe.
Indicadores Clave de Rendimiento
| KPI | Línea Base | Resultado | Impacto |
|---|---|---|---|
| Una lámina como objeto, no como registro | Una fila en un portal de museo o un archivo en un depósito | Formato y tamaño reales, la imagen macro bajo el cubreobjetos, una etiqueta impresa con QR escaneable, y luego los activos micro: imágenes sueltas, pirámides de zoom profundo, planos focales, estados de polarización | Lo que está en pantalla es lo que está en el cajón |
| Un árbol de colecciones con iconografía propia | Una taxonomía para lo vivo, nada para rocas y cristales | Tres reinos (vida, tierra, materia), 18 colecciones, 130 subcolecciones y grupos, 186 íconos dibujados a mano, reglas de ubicación ancladas en GBIF, la lista mineral de la IMA, los sistemas cristalinos y los materiales | Plantas, microbios, láminas delgadas y cristales caben en un mismo gabinete |
| Estándares a la salida | Imágenes encerradas en un visor | Teselas IIIF Image API 3 nivel 2 y un manifiesto IIIF Presentation 3 por lámina; fuente, autor y licencia por activo; subidas reanudables de archivos de escáner de varios gigabytes | Cualquier visor IIIF puede abrir una lámina de Laminario |
Arquitectura
laminario pipeline
Stack Tecnológico
Los recursos visuales de este proyecto no están disponibles públicamente.